วิสัยทัศน์
เป็นองค์กรหลัก ในการดำเนินงานตามพระราชบัญญัติการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ. ๒๕๔๒ โดยมุ่งเน้นการพัฒนาและส่งเสริมการพึ่งตนเองด้านสุขภาพ ด้วยภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย รวมทั้งพัฒนาระบบประสิทธิผลในการคุ้มครอง ส่งเสริม ตลอดจนยกระดับภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สมุนไพร สู่นวัตกรรมสร้างมูลค่าเพิ่มและคุณค่าในระดับสากล
พันธกิจ
(๑) ศึกษาวิเคราะห์ วิจัย พัฒนาองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการคุ้มครองภูมิปัญญาฯและการแพทย์พื้นบ้านไทย
(๒) พัฒนาคุณภาพและเสนอแนะเกี่ยวกับการคุ้มครองผู้บริโภคด้านการแพทย์พื้นบ้านไทย
(๓) ถ่ายทอดองค์ความรู้ด้านเทคโนโลยีด้านการคุ้มครองภูมิปัญญาฯ และการแพทย์พื้นบ้านไทยสู่ชุมชน
(๔) ส่งเสริมสนับสนุนการใช้ภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านโดยมีหมอพื้นบ้านและภาคีเครือข่ายเป็นกลไกในระบบสุขภาพ
ประเด็นยุทธศาสตร์
(๑) ส่งเสริมและสนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชน ชุมชน และภาคีที่เกี่ยวข้อง
(๒) ให้มีการอนุรักษ์ภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และการแพทย์พื้นบ้านไทย
(๓) เพิ่มประสิทธิภาพการคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และการแพทย์พื้นบ้านไทย
(๔) การส่งเสริมและใช้ประโยชน์ภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และการแพทย์พื้นบ้านไทย
(๕) พัฒนาระบบสารสนเทศด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย
การดำเนินงาน
ในระยะเวลา ๕ ปีที่ผ่านมา กองคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย ได้ดำเนินการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย โดยอาศัยกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ. ๒๕๔๒ มีสาระสำคัญ ๓ ประเด็น ได้แก่ ๑. การคุ้มครองตำรับยาแผนไทยและตำราการแพทย์แผนไทย ๓ ประเภทคือ (๑) ตำรับยาแผนไทยของชาติหรือตำราการแพทย์แผนไทยของชาติ (๒) การพัฒนาคัดเลือก และจัดทำตำรับยาแผนไทยแห่งชาติ (๓) การคุ้มครองสมุนไพร ๓ กลุ่ม คือ กลุ่มที่มีค่าต่อการศึกษาวิจัย, สำคัญทางเศรษฐกิจ และอาจจะสูญพันธ์ุ ๓. การคุ้มครองบริเวณถิ่นกำเนิดของสมุนไพร ๓ ลักษณะ คือ เขตอนุรักษ์ เขตนอกอนุรักษ์ และที่ดินเอกชน โดยการสำรวจ รวบรวม ตรวจสอบ/วิเคราะห์เบื้องต้น และบันทึกข้อมูลตำรับยาแผนไทยและตำราการแพทย์แผนไทย, การสำรวจ สืบเสาะ ค้นหา รวบรวมตำรับยาและตำราการแพทย์แผนไทยในส่วนภูมิภาคและชุมชน การคุ้มครองสมุนไพรและถิ่นกำเนิดของสมุนไพรโดยการสำรวจ รวบรวม และจัดทำทะเบียนพื้นที่ถิ่นกำเนิดของสมุนไพร ทั้งในและนอกเขตอนุรักษ์ รวมทั้งที่ดินเอกชน เพื่อประโยชน์ในการคุ้มครองสมุนไพร ตามมาตรา ๕๗ มาตรา ๖๑ และมาตรา ๖๔, การเฝ้าระวังการละเมิดสิทธิและการแบ่งปันผลประโยชน์ โดยการรับคำขอจดทะเบียนสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การตรวจสอบความครบถ้วนของเอกสารตามขั้นตอน การจัดทำบัญชีรับเรื่องไว้และเสนอหนังสือนำส่งคำขอ ฯ ดังกล่าว ต่อนายทะเบียนจังหวัด เพื่อนำส่งต่อนายทะเบียนกลางพิจารณารายละเอียด/เนื้อหาทางวิชาการหรือกฎหมายตามขั้นตอน, การเฝ้าระวังการละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย โดยมีการจัดทำคู่มือเผยแพร่และประชาสัมพันธ์แก่ประชาชน ๔ เรื่อง ได้แก่ ๑. คู่มือสำหรับประชาชนเรื่อง การขออนุญาตใช้ประโยชน์จากตำรับยาแผนไทยของชาติหรือตำราการแพทย์แผนไทยของชาติ ๒. คู่มือสำหรับประชาชนเรื่อง การขอรับอนุญาตศึกษาวิจัยหรือส่งออกสมุนไพรควบคุมหรือจำหน่าย หรือแปรรูปสมุนไพรควบคุมเพื่อการค้า ๓. คู่มือสำหรับประชาชนเรื่อง การขอขึ้นทะเบียนที่ดินที่เป็นถิ่นกำเนิดของสมุนไพรและ ๔. คู่มือการจดทะเบียนสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
รวมทั้ง การศึกษา พัฒนา และส่งเสริมการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านไทยในด้านต่าง ๆ ดังนี้
(๑) ผักพื้นบ้านและอาหารพื้นบ้าน
(๒) การดูแลสุขภาพผู้สูงอายุ
(๓) แม่และเด็ก
(๔) การรักษาผู้ป่วยกระดูกหัก
(๕) นวดพื้นบ้าน
(๖) อัมพฤกษ์ อัมพาต
(๗) การบำบัดรักษามะเร็ง
(๘) การรักษาสัตว์พิษกัดและงูกัด
(๙) การรับรองสถานภาพหมอพื้นบ้าน