1. ฝ่ายบริหารทั่วไป มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
(1) การดำเนินการด้านงานธุรการและงานสารบรรณ
(2) การดำเนินการด้านงานการเงิน การบัญชี และการเบิกจ่ายงบประมาณ
(3) งานพัสดุ การจัดการด้านคลังพัสดุ
(4) งานบริหารทรัพยากรบุคคล
(5) การประสานงาน ดูแลการจัดทำ แผนงบประมาณ แผนงาน โครงการ และคำรับรองการปฏิบัติราชการ
(6) การดำเนินการด้านงานอาคารสถานที่ ห้องประชุม และยานพาหนะของหน่วยงาน
(7) การดำเนินการเกี่ยวกับการเผยแพร่กิจกรรมเพื่อเสริมสร้างคุณธรรมจริยธรรมของหน่วยงาน
(8) การปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
2. กลุ่มงานคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สมุนไพรและการรับรองหมอพื้นบ้าน มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
(1) จัดทำและขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย
(2) รวบรวม อนุรักษ์ คุ้มครองตำรับตำรา สมุนไพร และถิ่นกำเนิดสมุนไพร
(3) ให้บริการจดทะเบียนสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย
(4) ให้บริการการขออนุญาตใช้ประโยชน์ภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติ
(5) งานให้บริการการขออนุญาตศึกษาวิจัย แปรรูปและจำหน่ายสมุนไพรควบคุมเพื่อการค้า
(6) จัดทำแผนขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ พัฒนาศักยภาพและรับรองหมอพื้นบ้าน
(7) ดำเนินการคัดเลือกและเชิดชูเกียรติหมอพื้นบ้าน บุคลากรสาธารณสุขด้านการแพทย์แผนไทย และหมอไทยดีเด่นแห่งชาติ
(8) ดำเนินการขับเคลื่อนวันภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและเทิดพระเกียรติพระบิดาแห่งการแพทย์แผนไทย
(9) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
3. กลุ่มงานวิจัยและพัฒนาวิชาการ มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
(1) ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย พัฒนาองค์ความรู้ ถ่ายทอดเทคโนโลยี และส่งเสริมการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และถิ่นกำเนิดสมุนไพร
(2) ดำเนินการปริวรรต ถ่ายทอด สังคายนาตำรับ ตำราการแพทย์แผนไทย
(3) การแพทย์พื้นบ้านไทยและจัดทำตำรับยาแผนไทยแห่งชาติ
(4) จัดทำข้อมูลงานวิจัย และแผนงานวิจัย เพื่อพัฒนาด้านภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และถิ่นกำเนิดสมุนไพร
(5) ประสานความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการแพทย์พื้นบ้านไทย และการแพทย์พื้นบ้านของประเทศอื่น
(6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
4. กลุ่มงานเฝ้าระวังและพิทักษ์สิทธิ มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
(1) ดำเนินการเฝ้าระวัง พิทักษ์สิทธิ และการบริหารจัดการกลไกการเข้าถึงและแบ่งปันผลประโยชน์ในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย ทรัพย์สินทางปัญญา มรดกภูมิปัญญาทางวัฒนธรรม และทรัพยากรพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องทั้งในและต่างประเทศ
(2) สืบค้น ตรวจสอบ กลั่นกรองข้อมูลสิทธิบัตรและเครื่องหมายการค้า ป้องปรามการละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย
(3) ดำเนินการพัฒนาและตรวจสอบสิทธิบัตรที่เกี่ยวข้องกับภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพร
(4) ดำเนินการเฝ้าระวัง กำหนดมาตรการและแนวทางในการคุ้มครอง ผู้บริโภคด้านการแพทย์พื้นบ้านไทย
(5) จัดให้มีระบบและศูนย์การเฝ้าระวัง สายด่วนแจ้งเตือนการละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพร
(6) ดำเนินการร่วมกับพนักงานเจ้าหน้าที่ในการทักท้วง เพิกถอน การละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพร
(7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
5. กลุ่มงานส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านในระบบสุขภาพชุมชน มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(1) กำกับ ดูแล ส่งเสริมและสนับสนุนการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย ประสานและสนับสนุนการดำเนินการด้านการแพทย์พื้นบ้านไทยตามกฎหมายว่าด้วยวิชาชีพการแพทย์แผนไทย
(2) ส่งเสริม สนับสนุนและพัฒนาศักยภาพหมอพื้นบ้าน ร่วมกับภาคีเครือข่ายในชุมชน
(3) พัฒนารูปแบบ ส่งเสริม และสนับสนุนให้มีบริการการแพทย์พื้นบ้านในระบบสุขภาพชุมชน
(4) สนับสนุน และขับเคลื่อนการมีส่วนร่วมของภาคีเครือข่ายในการเผยแพร่องค์ความรู้ และส่งเสริมการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านไทย
(5) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
6. กลุ่มงานพัฒนาระบบงานนายทะเบียนและเทคโนโลยีสารสนเทศ มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
(1) รับผิดชอบการดำเนินงานของนายทะเบียนกลาง ตามกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
(2) พัฒนาระบบงานและสนับสนุนการดำเนินของนายทะเบียนจังหวัด ตามกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
(3) รับผิดชอบงานเลขานุการและงานวิชาการของคณะกรรมการคุ้มครอง และส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและคณะอนุกรรมการอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
(4) ดำเนินการสรรหากรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการคุ้มครอง และส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
(5) พัฒนาระบบฐานข้อมูลภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพรของนายทะเบียน
(6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย