๑. ให้กองคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย แบ่งหน่วยงานเป็น ๑ ฝ่าย ๕ กลุ่มงาน ดังต่อไปนี้
๑.๑ ฝ่ายบริหารทั่วไป มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
๑.๑.๑ ดำเนินการด้านงานธุรการและงานสารบรรณ
๑.๑.๒ ดำเนินการด้านงานการเงิน การบัญชี และการเบิกจ่ายงบประมาณ
๑.๑.๓ งานพัสดุ การจัดการด้านคลังพัสดุ
๑.๑.๔ งานบริหารทรัพยากรบุคคล
๑.๑.๕ ประสานงาน ดูแลการจัดทำ แผนงบประมาณ แผนงาน โครงการ และคำรับรองการปฏิบัติราชการ
๑.๑.๖ ดำเนินการด้านงานอาคารสถานที่ ห้องประชุม และยานพาหนะของหน่วยงาน
๑.๑.๗ ดำเนินการเกี่ยวกับการเผยแพร่กิจกรรมเพื่อเสริมสร้างคุณธรรมจริยธรรมของหน่วยงาน
๑.๑.๘ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๑.๒ กลุ่มงานคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สมุนไพรและการรับรองหมอพื้นบ้าน มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
๑.๒.๑ จัดทำและขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย
๑.๒.๒ รวบรวม อนุรักษ์ คุ้มครองตำรับตำรา สมุนไพร และถิ่นกำเนิดสมุนไพร
๑.๒.๓ ให้บริการจดทะเบียนสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย
๑.๒.๔ ให้บริการการขออนุญาตใช้ประโยชน์ภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติ
๑.๒.๕ งานให้บริการการขออนุญาตศึกษาวิจัย แปรรูปและจำหน่ายสมุนไพรควบคุมเพื่อการค้า
๑.๒.๖ จัดทำแผนขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ พัฒนาศักยภาพและรับรองหมอพื้นบ้าน
๑.๒.๗ ดำเนินการคัดเลือกและเชิดชูเกียรติหมอพื้นบ้าน บุคลากรสาธารณสุขด้านการแพทย์แผนไทย และหมอไทยดีเด่นแห่งชาติ
๑.๒.๘ ดำเนินการขับเคลื่อนวันภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและเทิดพระเกียรติพระบิดาแห่งการแพทย์แผนไทย
๑.๒.๙ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๑.๓ กลุ่มงานวิจัยและพัฒนาวิชาการ มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
๑.๓.๑ ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย พัฒนาองค์ความรู้ ถ่ายทอดเทคโนโลยี และส่งเสริมการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และถิ่นกำเนิดสมุนไพร
๑.๓.๒ ดำเนินการปริวรรต ถ่ายทอด สังคายนาตำรับ ตำราการแพทย์แผนไทย
๑.๓.๓ การแพทย์พื้นบ้านไทยและจัดทำตำรับยาแผนไทยแห่งชาติ
๑.๓.๔ จัดทำข้อมูลงานวิจัย และแผนงานวิจัย เพื่อพัฒนาด้านภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และถิ่นกำเนิดสมุนไพร
๑.๓.๕ ประสานความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการแพทย์พื้นบ้านไทย และการแพทย์พื้นบ้านของประเทศอื่น
๑.๓.๖ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๑.๔ กลุ่มงานพัฒนาระบบงานนายทะเบียนและเทคโนโลยีสารสนเทศ มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
๑.๔.๑ รับผิดชอบการดำเนินงานของนายทะเบียนกลาง ตามกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
๑.๔.๒ พัฒนาระบบงาน และสนับสนุนการดำเนินของนายทะเบียนจังหวัด ตามกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
๑.๔.๓ รับผิดชอบงานเลขานุการและงานวิชาการของคณะกรรมการคุ้มครอง และส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและคณะอนุกรรมการอื่นๆที่เกี่ยวข้อง
๑.๔.๔ ดำเนินการสรรหากรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการคุ้มครอง และส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
๑.๔.๕ พัฒนาระบบฐานข้อมูลภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพรของนายทะเบียน
๑.๔.๖ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๑.๕ กลุ่มงานเฝ้าระวังและพิทักษ์สิทธิ มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
๑.๕.๑ ดำเนินการเฝ้าระวัง พิทักษ์สิทธิ และการบริหารจัดการกลไกการเข้าถึงและแบ่งปันผลประโยชน์ในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย ทรัพย์สินทางปัญญา มรดกภูมิปัญญาทางวัฒนธรรม และทรัพยากรพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องทั้งในและต่างประเทศ
๑.๕.๒ สืบค้น ตรวจสอบ กลั่นกรองข้อมูลสิทธิบัตรและเครื่องหมายการค้า ป้องปรามการละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทย
๑.๕.๓ ดำเนินการพัฒนาและตรวจสอบสิทธิบัตรที่เกี่ยวข้องกับภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพร
๑.๕.๔ ดำเนินการเฝ้าระวัง กำหนดมาตรการและแนวทางในการคุ้มครอง ผู้บริโภคด้านการแพทย์พื้นบ้านไทย
๑.๕.๕ จัดให้มีระบบและศูนย์การเฝ้าระวัง สายด่วนแจ้งเตือนการละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพร
๑.๕.๖ ดำเนินการร่วมกับพนักงานเจ้าหน้าที่ในการทักท้วง เพิกถอน การละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย และสมุนไพร
๑.๕.๗ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๑.๖ กลุ่มงานส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านในระบบสุขภาพชุมชน มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
๑.๖.๑ กำกับ ดูแล ส่งเสริมและสนับสนุนการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์พื้นบ้านไทย ประสานและสนับสนุนการดำเนินการด้านการแพทย์พื้นบ้านไทยตามกฎหมายว่าด้วยวิชาชีพการแพทย์แผนไทย
๑.๖.๒ ส่งเสริม สนับสนุนและพัฒนาศักยภาพหมอพื้นบ้าน ร่วมกับภาคีเครือข่ายในชุมชน
๑.๖.๓ พัฒนารูปแบบ ส่งเสริม และสนับสนุนให้มีบริการการแพทย์พื้นบ้านในระบบสุขภาพชุมชน
๑.๖.๔ สนับสนุน และขับเคลื่อนการมีส่วนร่วมของภาคีเครือข่ายในการเผยแพร่องค์ความรู้ และส่งเสริมการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านไทย
๑.๖.๕ ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย